Ideen om et opplæringstilbud i regi av Stiftelsen Blå Kors Fredrikstad vokste fram på bakgrunn av mangelen på yrkesrelevant kompetanse hos de voksne alkoholikerne som var til behandling. Gjennom god opplæring var målet å etablere slik kompetanse som et rusforebyggende tiltak. Målet var å komme tilbake til samfunnet og mestre livet uten rus.

Seiersborg videregående skole hadde oppstart 1. januar 1976. I 2006 ble skolen organisert som et AS som fortsatt eies og drives av Stiftelsen Blå Kors Fredrikstad.

I løpet av årene har endringer i skolereformer, endringer i Friskoleloven og endring i faglig kompetanse vært med å prege skolens utvikling. Blå Kors sin diakonale tankegang og tro på mennesket har gjennom alle årene vært toneangivende i måten skolen har utviklet seg.

Skolen er i dag godkjent for å ta imot 156 elever innenfor programområdene Helse- og oppvekstfag, Salg, service og reiseliv, Teknologi og industrifag, Bygg- og anleggsteknikk, samt Frisør, blomster, interiør og eksponeringsdesign. I tillegg til dette tilbyr skolen VG 3 – Påbygg til generell studiekompetanse.